生物医学仪器学学系成立于2011年，全系教师共有19人，其中正教授5人，副教授6人，讲师8人。 
作为生物医学工程专业的专业课程及假肢矫形工程专业的基础课程支撑单位，学系共开设5门研究生课程及14门本科生课程。其中研究生课程包括医学信息学、医学模式识别原理、医学图像处理与分析、医学影像设备学、磁共振成像原理及应用等；本科生课程包括电工与电路分析、模拟电子技术、电子技术基础、电子技术实验、信号与系统、脉冲数字电子技术、数字信号处理、电子学测量方法、临床医学工程、单片机原理与应用、嵌入式系统原理与应用、医用传感器、医用电子仪器原理与实验、电子工艺实习等。其中信号与系统为校级双语师范课程，医用传感器为校级精品课程。此外，承担本科生毕业设计、电子竞赛、第二课堂、科研小组、创新活动、临床医学专业七年制学生指导等教学工作。近年来取得北京市大学生电子竞赛三等奖、全国虚拟仪器设计大赛优秀奖、‘毕昇杯’全国大学生电子竞赛特等奖、一、二、三等奖等多项成绩。2011年获批首都医科大学校级优秀教学团队。近年来，学系教师共主持教育教学改革与研究项目10余项，发表教育教学论文20余篇，主编教材10余部，获得多项教学成果奖，多名教师先后获得北京市师德标兵、北京市师德先进个人、北京市优秀教师、校级优秀导师、校级优秀教师等荣誉称号。

学系共有三个学科研究方向，即：医学仪器设计与信号处理方法研究、医学影像处理与应用研究、激光医疗仪器设计与应用研究。拥有博导2人，硕导6人，目前在读硕士研究生12名，博士研究生8名。近年来学系教师共主持30余项科研课题。包括国家自然科学基金、北京市自然科学基金、科技部支撑项目、北京市教委项目及企业联合横向项目等。到账科研经费约700余万元。发表科研论文170余篇，其中被SCI/EI收录60余篇。目前在研课题有：北京市自然基金“一种无线无源式智能膀胱功能控制方法的研究（3122011）”、“颅内动脉瘤介入治疗手术规划图像仿真方法研究”；国家科技支撑项目““激光止血手术刀”，国家重大科研仪器设备研制专项子课题“大视场X射线相衬成像器件与锥束CT系统研究”，科技部对欧盟科技合作专项“新成像技术的图像理解和医学应用”，以及首都医科大学基础与临床结合项目2项重点课题及1项一般课题等。