智能医学工程学学系（原生物医学信息学学系）成立于2011年，现下设数学与计算机和智能感知与大数据处理两个教研室。学系现有专职教师28人，其中教授4人，副教授10人，24人具有博士学位。

数学与计算机教研室面向全校研究生、本专科生及成人教育学生开设了数学和计算机基础相关的3门研究生课程及25门本科生课程，年均学时1920。课程包括高等数学、线性代数、概率论与数理统计、计算机基础、数据库语言、Python语言程序设计、Photoshop网页设计等。其中，高等数学和计算机基础课程为校级精品课程。

智能感知与大数据处理教研室支撑智能医学工程及生物医学工程专业教育教学，开设了C语言、Matlab程序设计、医学信息学、人工智能基础、智能感知技术与医学应用、模式识别与机器学习、人工神经网络与深度学习、医疗大数据与数据挖掘、医学图像智能处理与分析等课程，年均学时2500左右。

此外，学系承担了本科生毕业设计、数学竞赛、第二课堂、科研创新活动、长学制基础科研训练等带教工作。指导2篇北京市优秀本科毕业论文，曾获得全国数学建模竞赛一等奖、二等奖，北京赛区一、二等奖多项，获得美国大学生数学建模竞赛一等奖、二等奖。学系积极开展教育教学研究和实践和教材建设，承担多项教改课题，作为主编/副主编出版国家规划教材及其他协编教材20余部。数学和计算机教学团队均为校级优秀教学团队。学系获得多项学校教学成果奖、优秀教材奖，多名教师获得首都医科大学教学奖。

科学研究方面，学系共有三个学科研究方向，包括生物医学信号检测技术与自动化装置研究（学术带头人谷宇教授）、医疗大数据与数据挖掘研究（学术带头人陈卉教授）、视频编码与图像处理研究（学术带头人张楠教授），有研究生导师14名，在读研究生19名。近5年来学系主持国家级、省部级科研课题20余项，到账科研经费约700万元。发表科研论文100余篇，其中被SCI/EI收录论文50余篇，获国家发明专利5项。目前在研课题包括国家自然科学基金项目“针对中等尺寸分子空气污染物监测的金属-有机骨架基传感器及其气敏性能研究”“基于深度学习的混合特征患者表示方法及应用研究”“基于多模态数据的疾病预测与饮食推荐模型研究”“模型错误情况下种间基因流的推断问题研究”，北京市自然科学基金重点项目“基于柔性植入式多模态传感和调控器件的神经系统疑难疾病智能诊疗研究”，北京市自然科学基金面上项目“针对中国艾滋病病人多模态数据特征的抗病毒治疗临床用药方案研究”。