临床工程学学系成立于2014年，是生物医学工程学院以学校附属医院学科基础较好的临床工程学工作科室为依托建立的临床工程学科资源整合综合平台。临床工程学学系在生物医学工程学院的统一领导下，以专科学系的组织形式，开展高级人才培养和追求学术目标的学科建设工作。学系挂靠单位为首都医科大学宣武医院。

学系以生物医学工程专业本科生、研究生培养为主，同时加强面向学系内外的临床工程学师资培训工作。学系还积极参与毕业后临床工程学教育、相关工作人员的专科培养和继续教育的工作。全系教师共有13人，其中正教授3人，副教授3人，博导1人，硕导5人。

临床工程学学系开设医学影像仪器、检验分析仪器、医用超声等课程。学系每年承担理论课程3门，年均理论课96学时，年均实验课30学时；承担本科实习、本科毕业设计，并申报和承担了“本科生科研创新项目”等带教工作。

学系共有三个学科研究方向，即：医学装备临床应用中的质量控制技术与方法研究、医学影像处理技术的临床应用研究、临床信息技术研究。近三年来学系在研的国家级课题4项，省部级课题5项，科研经费200余万元。近五年公开发表科研论文70余篇，其中SCI收录6篇。

本学系挂靠单位1999年获批为首都医科大学医学仪器质量控制技术研究中心，学系以综合医院丰富的临床资源和医学装备资源为教学环境，以工程学培养理念，培养面向临床技术支持、临床安全保障和临床科技创新的跨学科人才，建立临床与工程的桥梁。